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仕 様 書
1. 件名
クラスタ型コンピュータの賃貸借
2. 数量
一式
3. 賃貸借期間
平成 27 年 1 月 1 日 ∼ 平成 29 年 12 月 31 日
4. 設置場所
放射線医学総合研究所 重粒子治療推進棟地下 1 階
医療情報・研究情報ネットワークサーバ室
5. 使用目的
クラスタ型コンピュータにより、放射線防護、予防、診断、治療などに関する情報
の高速解析を行うことを目的とする。
主な利用課題
• DNA の分子動力学的解析、塩基配列解析
• 放射線損傷過程のシミュレーション
• 放射線検出器等の応答特性シミュレーション
• 次世代シークエンサーデータによるゲノム解析
6. システム構成概要
(1) 計算サーバ
1式
(2)
ジョブ管理サーバ
1式
(3)
ログイン専用サーバ
1式
(4)
クラスタ専用ファイルサーバ
1式
(5)
スイッチングハブ
1式
(6)
コンソール端末
1式
(7)
無停電電源装置
1式
(8)
設置・設定作業及び保守運用管理
1式
7. クラスタ型コンピュータの基本仕様
計算サーバの全物理 Core 数は 200 個以上を有すること。
詳細は別添「クラスタ型コンピュータ詳細仕様書」に記載されている仕様を参照の
こと。
(1) 本システムは、放射線医学総合研究所・重粒子治療推進棟・ネットワークサー
バ室内に設置できること。
(2) 計算ノードは、x64 アーキテクチャで、内部クロック 3.0GHz 以上、物理コア
数 10 以上の２個の CPU で構成すること。
(3) 計算ノードは、128GB 以上の主記憶容量を有すること。
(4) 4 計算ノードには GPU デバイスを各１基搭載すること。
(5) 分 子 動 力 学 シ ミ ュ レ ー シ ョ ン プ ロ グ ラ ム：Amber(相 当 品)、粒 子 反 応 シ
ミ ュ レ ー シ ョ ン プ ロ グ ラ ム：Geant4、次 世 代 シ ー ケ ン サ 解 析 ソ フ ト：
BWA,SAMtools,GATK 等を搭載し、全ての計算ノードから利用可能なこと。
(6) クラスタ専用ファイルサーバは RAID 構成後の物理容量として 130TB 以上を
有すること。
8. 提出図書
引き渡し後に以下の書類を提出すること。
1) 完成図書 (書類)
2部
2)
完成図書 (電子書類)
1部
3)
全装置およびソフトウェアの取扱い説明書
1部
9. 検査
納入完了後、当研究所の担当職員が所定の要件を満たしていることを確認したこと
をもって、検査合格とする。
10. その他
(1) ネットワーク調整会合への参加
本契約者は、放射線医学総合研究所の監督のもとに、「ネットワーク調整会合」
に参加し、ネットワーク全体に係わる相互関連問題を、他の契約者と協力して
検討調整すること。参加頻度は月 1 回程度とする。但し、本契約単独に係わる
調整部分は除く。ネットワーク調整会合への参加は、賃貸借開始日より賃貸借
終了までの期間とする。
(2) 技術支援および保守
1) システム全体が正常に作動するように十分な技術支援を行うこと。
2) 賃貸借期間中は無償保守・管理すること。
3) 緊急連絡体制を明示するとともに、障害発生時にはオンサイト翌日対応に
て、速やかに所要の保守修理を行うこと。但し、対応時間帯は、平日 (土
曜、日曜、その他の休日及び年末年始を除く日) の午前 9 時から午後 5 時
までの間とする。
4) 本契約者は、本件で取得した当研究所の情報 (セキュリティ情報を含む)
を当研究所の許可なしに第三者に開示してはならない。本契約の終了後に
おいても同様とする。
(3) 必要経費等
他の契約者の保守対象機器との試験調整が必要な場合は、本契約者および関連
契約者が協議の上、費用を分担するものとする。ただし，電力料金および回線
使用料は除く。
(4) C、FORTRAN 等でクラスタ環境を利用する方法について説明したマニュア
ルおよび完成図書を当研究所の内部向けホームページに掲載すること。
(5) 年一回程度、管理者向け、及びユーザ向けにそれぞれ利用説明会を開催する
こと。
(6) 賃貸借終了の際に必要な撤去費用を本契約に含めること。
(7) 本仕様書および別添「クラスタ型コンピュータ詳細仕様書」の内容について疑
義が生じた場合、または、本仕様書および別添「クラスタ型コンピュータ詳細
仕様書」に規定のない事項については、別途協議の上決定する。
所属部課名
研究基盤センター 情報基盤部
部長氏名
竹下 洋 使用者氏名
笠間 康次