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KOA-Facility利用報告書
■利用者名
株式会社ＤＮＡチップ研究所
■課題名
自己免疫疾患におけるスプライス•ヴァリアントの網羅的解析とその発現機序解明に
関する研究
【概要】
１）本課題で得られた具体的な成果
今回、全身性エリテマトーデス(SLE)および関節リウマチ(RA)患者におけるスプライス•ヴァリアントの網羅的
解析とその発現機序解明を行った。分類基準を満たす活動性SLE3例、RA3例、HC6例のミクスチャーの末梢血
を採取ののち、比重遠心法で単核球に分離した。
表1
サンプル
レーン
総リードペア
QFリードペア
SLE-1
1
58,445,667
34,206,176
SLE-2
2
48,590,454
36,594,797
SLE-3
3
62,757,986
34,321,968
RA-1
5
63,071,805
30,885,159
RA-2
6
55,635,996
37,222,254
RA-3
7
59,621,823
33,441,897
HC
8
58,583,146
33,300,226
そこからtotalRNAを精製した。Illumina GAIIx を用いHigh throughput sequencing(mRNAseq)を行うため、ライ
ブラリーの準備をし、クラスターを作成し、ペアエンドシークエンスを行った。計7レーン (SLE-1,2,3, RA1,2,3, HC)の検体およびコントロールとしてファイエックスを置いた。総リードペア、QFリードペアを表1に示
す。いずれも5000-6000万リードのデータが取得されており、平均depthも30前後と十分なカバレッジを持つ
データが得られた。
各リードよりアダプタ配列を探索、トリミングののちTopHatによりヒトゲノムにマッピングを行った。ゲノム
配列はUCSC hg19を使用した。エキソンごと、サンプルごとにリードカバレッジを算出。エキソン情報は、
UCSC RefGene (RefSeq由来)を参照した。
サンプル特異的な領域の探索を行ったところ、一例としてHAUS5遺伝子のエクソン5領域にRA例で著明な発
現低下が確認された。SLEおよび健常人プールにおいては上記の変化は認めなかった。HAUS5は、19番染色体
に位置し、Augmin複合体を形成する分子のサブユニットで、紡錘糸形成過程における微小管形成に関与してい
ることが報告されている。しかししながら RAを含めた自己免疫疾患におけるHAUS5の役割は明らかではない
。本解析より得られたスプライス•ヴァリアントがRAにおいてどのような役割をしているかは、深いところであ
り、他のRAのmRNAにおいて同様のことが起こっているか確認中である。
また各遺伝子ごとの発現量の解析を、各エクソンごとに行い、スプライスバリアントの生成がどのような分
布になっているかについて引き続き詳細な解析を行っている。
2）社会・経済への波及効果の見通し
本研究課題は、これまで全く手つかずであった領域に関して、最先端テクノロジーの導入によりようやく近づ
くことができている。予算はかかるかもしれないが、最先端の研究を進めていくことが、優秀な人材確保、新
規薬剤開発等を進めていく上で必須であり、社会、経済におけるインパクトは多大であると考えている。今後
も継続していくことが重要であると考えている。