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創薬計算用ソフトウェアmyPrestoを用いた
インシリコ・スクリーニング計算実習会 myPrestoは、経済産業省及びＮＥＤＯからの委託で実施されたプロジェクトの中で開発さ
れた医薬品開発支援の分子シミュレーションシステムで、従来に比べて短時間で高精度・
高能率に、タンパク質等のモデリング、膜蛋白の計算、薬物ドッキング・薬物スクリーニング
等を行うことができます。大阪大学のwebサイトからダウンロードでき、アカデミアの方でも
企業の方でも無料で利用することができます。 本実習会では、myPrestoを使ったインシリコ・スクリーニング計算について実習します。計
算にはFOCUSスパコンを用い、立体構造が既知のタンパク質と低分子化合物とのドッキン
グ計算を、200万化合物に対して実行します。この計算は、非常に短時間で、しかも安価に
実施することができます。200コアを同時に使用する場合には約4時間で計算が完了します。
システム利用料は2万円未満です（アカウント発行料、ストレージ費用等は別途必要）。 実習会で使用するプログラムとデータは参加者に無料で配布します。FOCUSスパコンユー
ザー様は、それを用いることにより、自分のターゲットに対して同様の計算を実行できます。 開催日時: 2015年3月25日(水) 13:00〜17:00 場所： 公益財団法人　計算科学振興財団　実習室 兵庫県神戸市中央区港島南町7-­‐1-­‐28 計算科学センタービル2階 (最寄り駅「京コンピュータ前駅」（ポートライナー）より徒歩約3分) 定員：20名(申し込み順に受け付け、20名に達したら締め切ります。)　参加費：無料 申し込み先：株式会社バイオモデリングリサーチ・中村寛則 E-­‐mail: [email protected] • 
実習会は、FOCUSスパコンユーザー様でなくても参加で
きます。 •  アカデミアの方も参加できます。ただし、FOCUSスパコン
は産業用スパコンなので、実習会以外では、アカデミア
の方は単独ではFOCUSスパコンを利用することができま
せん。法人との共同利用は可能です。
•  myPrestoは多くの計算機環境で動作します。myPrestoを
用いた同様の計算は、お手持ちのサーバー、もしくは、
大学の計算機センターのサーバー等で、実施することが
できます。ただし、計算機環境に応じて、myPrestoのスク
リプトプログラムを一部変更する必要があります。変更
が必要な箇所や、代表的なシステムでの変更例につい
ては実習会で説明します。ご自身で変更が困難な方は、
(株)バイオモデリングリサーチの支援サービスをご利用
いただけます(有料)。
[関連URL] myPrestoのダウンロードサイト（大阪大学）: hPp://presto.protein.osaka-­‐u.ac.jp/myPresto4/ myPrestoのwebサイト (JBIC): hPp://www.jbic.or.jp/enterprise/result/001.html LigandBOX (大阪大学): hPp://ligandbox.protein.osaka-­‐u.ac.jp/ligandbox/ myPrestoを活用した有料ソフトウェア: MF myPresto (株式会社フィアラックス): hPp://www.fiatlux.co.jp MolDesk (株式会社情報数理バイオ): hPp://www.moldesk.com
主催：株式会社バイオモデリングリサーチ hPp://www.biomodeling.co.jp BioMoDeLing
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