3_SDTMの基礎
SDTMの基礎 2014年12月4日 製薬協 データサイエンス部会 タスクフォース2 サブチーム１ 参考資料 •SDTM (Version 1.4) •SDTM Implementation Guide (Version 3.2) •CDASH (Version 1.1) •SAS SDTMサンプルデータ http://support.sas.com/publishing/bbu/zip/64409.zip 2 目次 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. SDTMの概要 基本構造 General Observation Classes Special-Purpose Domains Trial Design Relationships SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点 3 目次 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. SDTMの概要 基本構造 General Observation Classes Special-Purpose Domains Trial Design Relationships SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点 4 SDTMとは • 当局申請時に提出する臨床試験データセットの標準モデル （ Study Data Tabulation Model ） • SDTMは紙CRF、EDCや臨床検査データ・ECG等の電子転送 データと、少しの加工（派生）変数が含まれる。 • SDTMに格納するべきデータはSDTMガイダンス文書に従うも のとし、依頼者の判断で変数を追加してはいけない。 • 欠測値は欠測のままとし、データを補完してはいけない。 CRF DB EDC Lab・ECG データセット（SDTM） 5 SDTM関連ドキュメント • 2つのドキュメントにより構成されている ①SDTM（モデルガイダンス） ②SDTM Implementation Guide（実装ガイド） *「SDTM IG」と呼ばれる 6 SDTM IG の構成 • 各ドメインの標準を説明した実装ガイド • SDTM標準の臨床試験データセットの構成、構造、および フォーマットを導くためのもの Section Theme 1 Introduction 2 Fundamentals of the SDTM 3 Submitting Data in Standard Format 4 Assumptions For Domain Models 5 Models for Special-Purpose Domains 6 Domain Models Based on the General Observation Classes 7 Trial Design Datasets 8 Representing Relationships and Data 7 目次 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. SDTMの概要 基本構造 General Observation Classes Special-Purpose Domains Trial Design Relationships SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点 8 クラスとドメイン Interventions Findings Special Purpose CM: Concomitant Medications DA：Drug Accountability CO：Comments EX: Exposure DD: Death Details DM：Demographics EC: Exposure as Collected EG: Electrocardiogram SE：Subject Elements PR: Procedures IE: Inclusion/Exclusion Criteria Not Met SV：Subject Visits SU: Substance Use IS: The Immunogenicity Specimen Assessments LB: Laboratory Test Results Events AE: Adverse Events CE：Clinical Events DS: Disposition DV：Deviations HO: Healthcare Encounters MH: Medical History Relationships MB・MS：Microbiology MI: Microscopic Findings SUPPQUAL MO Morphology RELREC PC・PP：Pharmacokinetics PE: Physical Exam Trial Design QS: Questionnaires TE：Trial Elements RP: Reproductive System Findings TA：Trial Arms SC：Subject Characteristics TV：Trial Visits SS: Subect Status TX：Trial Sets(X) TU・TR・TS: Oncology Domains TI：Trial Inclusion/Exclusion VS: Vital Signs TS：Trial Summary 9 クラスとドメイン Interventions Findings Special Purpose CM: Concomitant Medications DA：Drug Accountability CO：Comments EX: Exposure DD: Death Details DM：Demographics EC: Exposure as Collected EG: Electrocardiogram SE：Subject Elements PR: Procedures IE: Inclusion/Exclusion Criteria Not Met SV：Subject Visits SU: Substance Use IS: The Immunogenicity Specimen Assessments LB: Laboratory Test Results General Observation Classes MB・MS： Events Microbiology MI: Microscopic Findings AE: Adverse Events CE：Clinical Events DS: Disposition DV：Deviations HO: Healthcare Encounters MH: Medical History MO Morphology Relationships Special-Purpose SUPPQUAL Domains RELREC PC・PP：Pharmacokinetics PE: Physical Exam Trial Design QS: Questionnaires TE：Trial Elements RP: Reproductive System Findings TA：Trial Arms SC：Subject Characteristics TV：Trial Visits SS: Subect Status TX：Trial Sets(X) TU・TR・TS: Oncology Domains TI：Trial Inclusion/Exclusion VS: Vital Signs TS：Trial Summary 10 SDTM IG 各ドメインの変数の定義 • SDTM IGでは各データセットで使用される変数の定義（メタデータ）について 説明している。 • メタデータは「Define-XML」というデータモデルガイダンスとして当局に提出 する。 • 主なメタデータ属性は以下の通り。 11 SDTM IG 各ドメインの変数の定義 • SDTM IGでは各データセットで使用される変数の定義（メタデータ）について 説明している。 • メタデータは「Define-XML」というデータモデルガイダンスとして当局に提出 する。 • 主なメタデータ属性は以下の通り。 変数名 8文字まで 変数ラベル 40文字まで 文字 or 数字 役割 ・識別子 ・トピック ・修飾子 ・タイミング ・ルール その変数が必須か否かの定義 ・Required(Req)：必須、Null非許容 ・Expected(Exp)：必須、Null許容 ・Permissible(Per)：任意 値や変数の表示形式 12 Controlled Terminology (CT) • すべてのCDISC データモデルに対応した用語体系 • NCI EVS によって管理され，CDISC による新しい標準，プロセ ス，手順の開発に応じて3ヶ月毎に更新されている． （http://www.cancer.gov/cancertopics/cancerlibrary/terminologyresources/cdisc） 13 Controlled Terminology (CT) • すべてのCDISC データモデルに対応した用語体系 • NCI EVS によって管理され，CDISC による新しい標準，プロセ ス，手順の開発に応じて3ヶ月毎に更新されている． （http://www.cancer.gov/cancertopics/cancerlibrary/terminologyresources/cdisc） 14 Controlled Terminology (CT) • すべてのCDISC データモデルに対応した用語体系 • NCI EVS によって管理され，CDISC による新しい標準，プロセ ス，手順の開発に応じて3ヶ月毎に更新されている． （http://www.cancer.gov/cancertopics/cancerlibrary/terminologyresources/cdisc） 15 Controlled Terminology (CT) • SDTM IGにて各変数毎に用いるべきCTが規定されている。 • 使用したCTはメタデータの一部として記録する。 16 Controlled Terminology (CT) • SDTM IGにて各変数毎に用いるべきCTが規定されている。 • 使用したCTはメタデータの一部として記録する。 外部コードリストの名称 依頼者独自のCT、またはCDISCのCT チームが今後開発するであろうCT。 17 SDTM 一般的な変数：識別子 18 SDTM 一般的な変数：識別子 __SEQは代理キーで、全てのGeneral Observation ClassesのデータセットにおいてSTUDYID、USUBJID、 DOMAIN、__SEQの4個のキーでレコードをユニーク に識別するために作られた。 19 SDTM 一般的な変数：トピック • その中オブザーベーションの主役となる変数 • クラスによりトピックの接尾辞が決まっている。 Class Intervention Class （介入オブザーベーションクラス） Event Class （事象オブザーベーションクラス） Findings Class （観察/検査オブザーベーションクラス） Demographics （被験者背景ドメイン） Comments （コメントドメイン） Topic Example --TRT CMTRT（併用薬名） EXTRT（治験薬名） --TERM AETERM（有害事象名） MHTERM（既往合併症 名） -TESTC D LBTESTCD（臨床検査名） VSTESTCD（バイタル 検査名） SUBJID 被験者ID COVAL コメント本文 20 SDTM 一般的な変数：トピック • その中オブザーベーションの主役となる変数 • クラスによりトピックの接尾辞が決まっている。 Class Intervention Class （介入オブザーベーションクラス） Event Class （事象オブザーベーションクラス） Findings Class （観察/検査オブザーベーションクラス） Demographics （被験者背景ドメイン） Comments （コメントドメイン） --にはドメインコードに基づく Example 2文字が接頭語として入る。 Topic --TRT CMTRT（併用薬名） EXTRT（治験薬名） --TERM AETERM（有害事象名） MHTERM（既往合併症 名） -TESTC D LBTESTCD（臨床検査名） VSTESTCD（バイタル 検査名） SUBJID 被験者ID COVAL コメント本文 21 SDTM 一般的な変数：修飾子 • レコードの特徴や結果を示す変数 • 目的に応じて5つのサブクラスに分類される サブクラス 変数の例 目的 Grouping Qualifiers （グループ化修飾子） __CAT __SCAT 同一ドメイン内のオブザーベーションを グループ化する。 Result Qualifiers （結果修飾子） __ORRES __STRESC トピック変数に関連する結果を示す。 Synonym Qualifiers （同義語修飾子） __TRT/__TERM ⇒__MODIFY、__DECOD オブザーベーションで特定の変数に代 替名を指定する。 Record Qualifiers （レコード修飾子） AE ⇒REASND、AESLIFE DM ⇒AGE、SEX、RACE レコード全体への追加属性を定義する。 Variable Qualifiers （変数修飾子） __ORRES ⇒__ORRESSU、 特定の変数をさらに変更もしくは説明 __ORNRHI、__ORNRLO する。 __DOSE ⇒__DOSU 22 SDTM 一般的な変数：修飾子 • レコードの特徴や結果を示す変数 • 目的に応じて5つのサブクラスに分類される サブクラス 変数の例 LBORRESの場合、オリジナル単位 目的 の臨床検査結果を入力する。 例： 120、 <1、 POS 同一ドメイン内のオブザーベーションを グループ化する。 Grouping Qualifiers （グループ化修飾子） __CAT __SCAT Result Qualifiers （結果修飾子） __ORRES __STRESC トピック変数に関連する結果を示す。 Synonym Qualifiers （同義語修飾子） __TRT/__TERM ⇒__MODIFY、__DECOD オブザーベーションで特定の変数に代 替名を指定する。 Record Qualifiers （レコード修飾子） AE ⇒REASND、AESLIFE DM ⇒AGE、SEX、RACE レコード全体への追加属性を定義する。 Variable Qualifiers （変数修飾子） __ORRES ⇒__ORRESSU、 特定の変数をさらに変更もしくは説明 __ORNRHI、__ORNRLO する。 __DOSE ⇒__DOSU 23 SDTM 一般的な変数：タイミング 24 SDTM 一般的な変数：タイミング ISO8601の例： × Dec 15, 2003, 13:14:17 PM ○ 2003-12-15T13:14:17 25 SDTM変数の分類 その変数が必須であるか、任意であるかを定義する。 Core 略語 説明 Required （必須） Req データセットに必ず含まれ、ヌル値のレコードは許容 されない。 Expected （要望） Exp データセットに必ず含まれる。データが収集されな かった場合はヌル値を許容する。 ※Nullの場合は、define.xmlにコメントすべき Permissible （オプション） Perm 該当するデータが収集・導出された場合にドメインに 作成される。変数の値が全てヌル値であった場合、 依頼者の判断でその変数を作成するかを決めること ができる。データが収集されている場合は、必ず変数を作 成する。 26 オブザーベーションと変数の構成 General Observation Classes Events Adverse Events 識別子 トピック 修飾子 変数の順番も標準の一部である 修飾子 タイミング 27 目次 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. SDTMの概要 基本構造 General Observation Classes Special-Purpose Domains Trial Design Relationships SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点 28 General Observation Classes Interventions Findings CM: Concomitant Medications DA：Drug Accountability EX: Exposure DD: Death Details EC: Exposure as Collected EG: Electrocardiogram PR: Procedures IE: Inclusion/Exclusion Criteria Not Met SU: Substance Use IS: The Immunogenicity Specimen Assessments LB: Laboratory Test Results Events AE: Adverse Events CE：Clinical Events DS: Disposition DV：Deviations HO: Healthcare Encounters MH: Medical History MB・MS：Microbiology MI: Microscopic Findings MO Morphology PC・PP：Pharmacokinetics PE: Physical Exam QS: Questionnaires RP: Reproductive System Findings SC：Subject Characteristics SS: Subect Status TU・TR・TS: Oncology Domains VS: Vital Signs Special Purpose • Interventions、 CO：Comments Events、Findings DM：Demographics の3つの一般クラ SE：Subject Elements スから成り、試験 SV：Subject Visits 期間中に集められ Relationships た情報のほとんど が入力される。 SUPPQUAL RELREC • 共通の識別子、タ Trial Design イミング変数を有 TE：Trial Elements する。変数名には TA：Trial Arms ドメインコードに基 TV：Trial Visits づく2文字が接頭 TX：Trial Sets(X) TI：Trial Inclusion/Exclusion 語として入る。 TS：Trial Summary 29 General Observation Classes Identifier • STUDYID / 試験 識別子 • DOMAIN / ドメイ ン略語 • USUBJID / 被験 者識別子（全申請 試験） • __SEQ / シーケ ンス番号 Topic 【Interventionsクラス】 • __TRT / 治療名 【Eventsクラス】 • __TERM / 報告用語 【Findingsクラス】 • __TESTCD / 測定、検 査または試験の省略名 Qualifier Timing •Topicに応じ たQualifier • VISITNUM / ビジット番号 • VISIT / ビジット名 • VISITDY / 計画されたビジットのスタディ・デイ • TAETORD / 計画されたARM中のElement順 • EPOCH / Epoch • __DTC / 取得日時 • __STDTC / 開始日時 • __ENDTC / 終了日時 • __DY / スタディ・デイ • __STDY / 開始スタディ・デイ • ENDY / 終了スタディ・デイ • DUR / 持続時間 • TPT / 計画された時点名 • __TPTNUM / 計画された時点番号 • __ELTM / 参照時点からの計画された経過時 間 • __TPTREF / 参照時点 • __RFTDTC / 参照時点の日時 • __STRF / 参照期間からの相対開始時 • __ENRF / 参照期間からの相対終了時 • __EVLINT / 評価間隔 • __STRTPT / 参照時点からの相対開始時 • __STTPT / 参照時点開始日時 • __ENRTPT / 参照時点からの相対終了時 30 General Observation Classes Identifier • STUDYID / 試験 識別子 • DOMAIN / ドメイ ン略語 • USUBJID / 被験 者識別子（全申請 試験） • __SEQ / シーケ ンス番号 これら4個の識 別子は必須 Topic 【Interventionsクラス】 • __TRT / 治療名 Qualifier Timing • VISITNUM / ビジット番号 • VISIT / ビジット名 • VISITDY / 計画されたビジットのスタディ・デイ • TAETORD / 計画されたARM中のElement順 • EPOCH / Epoch CM/EX/SU • __DTC / 取得日時 • __STDTC / 開始日時 IGで制限され • __ENDTC / 終了日時 れている一部 • __DY / スタディ・デイ 【Eventsクラス】 の変数以外は、• __STDY / 開始スタディ・デイ • __TERM / 報告用語 • ENDY / 終了スタディ・デイ General Observation • DUR / 持続時間 AE/DS/MH/ Classesのどの • TPT / 計画された時点名 DV/CE ドメインでも追 • __TPTNUM / 計画された時点番号 • __ELTM / 参照時点からの計画された経過時 加可能 間 • __TPTREF / 参照時点 【Findingsクラス】 • __RFTDTC / 参照時点の日時 • __TESTCD / 測定、検 • __STRF / 参照期間からの相対開始時 査または試験の省略名 • __ENRF / 参照期間からの相対終了時 • __EVLINT / 評価間隔 • __STRTPT / 参照時点からの相対開始時 EG/IE/LB/PE/QS/SC/V • __STTPT / 参照時点開始日時 S/DA/TU/TR/DR/MB/ • __ENRTPT / 参照時点からの相対終了時 MS/PC/PP/FA •Topicに応じ たQualifier 31 目次 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. SDTMの概要 基本構造 General Observation Classes Special-Purpose Domains Trial Design Relationships SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点 32 Demographics Interventions Findings Special Purpose CM: Concomitant Medications DA：Drug Accountability CO：Comments EX: Exposure DD: Death Details DM：Demographics EC: Exposure as Collected EG: Electrocardiogram SE：Subject Elements PR: Procedures IE: SV：Subject Visits Inclusion/Exclusion Criteria Not Met • 被験者の基本的な特性について説明 IS: するドメイン。 LB: Laboratory Test Results SU: Substance Use The Immunogenicity Specimen Assessments MB・MS： Events MO Morphology AE: Adverse Events • 規定された構造で標準化されたオブ PC・PP：Pharmacokinetics CE：Clinical Events ザーベーションのセットが含まれなけ PE: Physical Exam DS: Disposition QS: Questionnaires ればならない。 DV：Deviations Microbiology MI: Microscopic Findings HO: Healthcare Encounters MH: Medical History Relationships SUPPQUAL RELREC Trial Design TE：Trial Elements RP: Reproductive System Findings TA：Trial Arms SC：Subject Characteristics TV：Trial Visits SS: Subect Status TX：Trial Sets(X) TU・TR・TS: Oncology Domains TI：Trial Inclusion/Exclusion VS: Vital Signs TS：Trial Summary 33 Demographics Identifier • STUDYID / 試験識別子 • DOMAIN / ドメイン略語 • USUBJID / 被験者識別 子（全申請試験） Topic • SUBJID / 被験 者識別子（試験 内） 赤：Req 橙：Exp 黒：Perm Qualifier • RFSTDTC / 被験者の参照開始日時 • RFENDTC / 被験者の参照終了日時 • RFXSTDTC / 初回試験の治療開始日 時 • RFXENDTC / 初回試験の治療終了日 時 • RFICDTC / 同意取得日 • RFPENDTC / 治験終了日 • DTHDTC / 死亡日 • DTHFL / 被験者死亡フラグ • SITEID / 施設識別子 • INVID / 治験責任医師等識別子 •INVNAM / 治験責任医師等名 • BRTHDTC / 生年月日 • AGE / 年齢 • AGEU / 年齢単位 • SEX / 性別 • RACE / 人種 • ETHNIC / 民族 • ARMCD / 計画されたARMコード • ARM / 計画されたARMの記述 • ACTARMCD / 実際のARMコード • ACTARM / 実際のARMの記述 • COUNTRY / 国 Timing • DMDTC /Demographicの 取 得日時 • DMDY / 取得のス タディ・デイ 34 Demographics Identifier • STUDYID / 試験識別子 • DOMAIN / ドメイン略語 • USUBJID / 被験者識別 子（全申請試験） Topic • SUBJID / 被験 者識別子（試験 内） 赤：Req 橙：Exp 黒：Perm Qualifier Timing • DMDTC • RFSTDTC / 被験者の参照開始日時 /Demographicの 取 • RFENDTC / 被験者の参照終了日時 得日時 • RFXSTDTC / 初回試験の治療開始日 参照開始日＝投与開始日と • DMDY / 取得のス 時 なることが多い。 タディ・デイ • RFXENDTC / 初回試験の治療終了日 参照終了日＝被験者の試 時 験終了が決定した日、最終 • RFICDTC / 同意取得日 治験薬投与日など。 • RFPENDTC / 治験終了日 • DTHDTC / 死亡日 • DTHFL / 被験者死亡フラグ • SITEID / 施設識別子 【ACTARM】 • INVID / 治験責任医師等識別子 割付せず：NOT ASSIGNED •INVNAM / 治験責任医師等名 スクリーニング不適格：SCREEN FAILURE • BRTHDTC / 生年月日 • AGE / 年齢 投与せず：NOT TREATED • AGEU / 年齢単位 • SEX / 性別 • RACE / 人種 • ETHNIC / 民族 • ARMCD / 計画されたARMコード • ARM / 計画されたARMの記述 • ACTARMCD / 実際のARMコード • ACTARM / 実際のARMの記述 • COUNTRY / 国 35 スタディ・デイ変数 スタディ・デイ変数（__DY, __STDY, __ENDY）は被験者 の参照開始日付（RFSTDTC）をDay1として起算した相 対日数で記述する。 __DTC __STDTC __ENDTC RFSTDTC 参照開始日 （投与開始日と なることが多い） -1 __DY, __STDY, __ENDY 1 2 イベント発生日 「Day 0」 は存在しない __DTC >= RFSTDTCの場合： __DY = __DTC – RFSTDTC + 1 __DTC < RFSTDTCの場合： __DY = __DTC – RFSTDTC 36 目次 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. SDTMの概要 基本構造 General Observation Classes Special-Purpose Domains Trial Design Relationships SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点 37 Trial Design Datasets Interventions CM: Concomitant Medications Findings DA：Drug Accountability DD: Death Details •ICH E3で要求されている全体的 EC: Exposure as Collected EG: Electrocardiogram な臨床試験の計画とデザインを PR: Procedures IE: 説明するためのもの IS: SU: Substance Use LB: Laboratory Test Results •個々の被験者からではなく、プロ MB・MS： Events MO Morphology トコールから得られる情報に基づ AE: Adverse Events PC・PP：Pharmacokinetics いて作成する CE：Clinical Events PE: Physical Exam DS: Disposition QS: Questionnaires •異なる試験のデザインを比較し DV：Deviations RP: Reproductive System Findings HO: Healthcare Encounters たり、計画の治療と実際の治療を SC：Subject Characteristics MH: Medical History 比較するのに有用 SS: Subect Status EX: Exposure Inclusion/Exclusion Criteria Not Met Special Purpose CO：Comments DM：Demographics SE：Subject Elements SV：Subject Visits The Immunogenicity Specimen Assessments Microbiology MI: Microscopic Findings Relationships SUPPQUAL RELREC Trial Design TE：Trial Elements TA：Trial Arms TV：Trial Visits TX：Trial Sets(X) TU・TR・TS: Oncology Domains TI：Trial Inclusion/Exclusion VS: Vital Signs TS：Trial Summary 38 Trial Designの概念（TE,TA,TV） 【Trial Epochs】 Screening Epoch Run-in Epoch Treatment Epoch 計画された被験者の参加 期間。 Placebo arm Screen Run-in Placebo 【Trial Arms(TA) 】 A arm Screen Run-in Drug A B arm Screen Run-in Drug B 個々のArmのElementの 名称、順番、Armに含ま れるための条件などを記 載する。 実際のデータはDMドメイ ンに保管。 【Trial Visit(TV) 】 個々のArmの計画された Visitを記載する。 Trial Visits 実際のデータはSVドメイン に保管。 Screen Trial Elements Placebo Run-in Drug A Drug B 試験開始前に作成 【Trial Elements(TE) 】 各Elementの開始と終了 のルールを記載する。 実際のデータはSEドメイ ンに保管。 39 Trial Designの概念（TI、TS、TD） TI(Trial Inclusion/Exclusion Criteria) 選択基準・除外基準を記載 TS(Trial Summary Information ) 試験概要（フェーズ、実施計画書のタイトル、設 計目標）を記載 TD(Trial Disease Assessments) 有効性の評価の時期を記載 40 目次 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. SDTMの概要 基本構造 General Observation Classes Special-Purpose Domains Trial Design Relationships SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点 41 Relationships Interventions Findings Special Purpose CM: Concomitant Medications DA：Drug Accountability CO：Comments EX: Exposure DD: Death Details DM：Demographics EC: Exposure as Collected EG: Electrocardiogram SE：Subject Elements • データセットまたはレコード間の IE: IS: SU: Substance Use 関係性を示す場合に使用する。 LB: Laboratory Test Results （非標準変数と親ドメインの関連付 MB・MS： Events MO Morphology け、異なるドメインのレコード間の関 AE: Adverse Events PC・PP：Pharmacokinetics 連付け等） CE：Clinical Events PE: Physical Exam PR: Procedures Inclusion/Exclusion Criteria Not Met SV：Subject Visits The Immunogenicity Specimen Assessments Microbiology MI: Microscopic Findings DS: Disposition DV：Deviations HO: Healthcare Encounters MH: Medical History Relationships SUPPQUAL RELREC Trial Design QS: Questionnaires TE：Trial Elements RP: Reproductive System Findings TA：Trial Arms SC：Subject Characteristics TV：Trial Visits SS: Subect Status TX：Trial Sets(X) TU・TR・TS: Oncology Domains TI：Trial Inclusion/Exclusion VS: Vital Signs TS：Trial Summary 42 Related Records(RELREC) RELRECデータセットは ① 個別のドメインでユニークなレコードを関連付ける 例）特定の有害事象に対する特定の併用薬剤 ② 関連するレコードを結びつけるための変数として RDOMAIN、IDVAR、IDVARVALを使用する。 43 RELRECデータセットの変数 変数名 変数ラベル 説明 STUDYID Study Identifier 試験におけるユニークな識別子 RDOMAIN Related Domain 親ドメインを表す2文字の略語 USUBJID Unique Subject Identifier 申請の対象となった全ての試験にわたってユニークな被験 者を識別するID IDVAR Identifying Variable 親レコードを特定するGeneral Observation Classデータセット の識別変数の名称。 例) __SEQ、__GRPID IDVARVAL Identifying Variable Value 識別変数の値 RELTYPE Relationship Type レコードの階層レベルを識別する。値はONEかMANYのど ちらかである。データセット間の関係を特定するときのみ必 要。 RELID Relationship Identifier 関係を識別するUSUBJID内のユニーク値。同じRELIDを持 つ同じUSUBJIDに対する全てのレコードが「関係する/対応 する」と考えられる。 44 RELRECの例 被験者0001の入院レコード(HOSEQ = 1)は有害事象(AESEQ = 7) と結びついている。これらのレコードはRELID AEHOSP1によって 関連付けられている。 STUDYID DOMAIN USUBJID 1999001 HO 1999001-01-0001 1999001 AE 1999001-01-0001 1999001 HO 1999001-01-0001 1999001 AE 1999001-01-0001 IDVAR IDVARVAL RELTYPE RELID HOSEQ 1 AEHOSP1 AESEQ 7 AEHOSP1 HOSEQ 2 AEHOSP2 AESEQ 11 AEHOSP2 被験者001の入院レコード(HOSEQ = 2)は有害事象(AESEQ = 11)と 結びついている。これらのレコードはRELID AEHOSP2によって関連 付けられている。 45 Supplemental Qualifiers(SUPPQUAL) •SDTMは親ドメイン(標準)に非標準の変数を追加して はいけない •Supplemental Qualifiersでは ①既存のSDTM変数がないデータを扱う。 ②標準と非標準のドメインの両方を利用する •データセットの名前はSUPP— 例）AEのSupplemental QualifiersはSUPPAE 46 SUPPQUALデータセットの変数 変数名 変数ラベル 説明 STUDYID Study Identifier 試験におけるユニークな識別子 RDOMAIN Related Domain Abbreviation 親ドメインを表す2文字の略語 USUBJID Unique Subject Identifier 親レコードのUSUBJID IDVAR Identifying Variable 親レコードを識別する親データセットの中にある識別変数。 例) __SEQ、__GRPID IDVARVAL Identifying Variable Value 親レコードの識別変数の値 QNAM Qualifier Variable Name 修飾子変数の短い名称(8文字以下)。親ドメインからのデータで見る ドメイン内のカラム名として使われる。多くはスポンサー使用データ セットの変数名となる。 QLABEL Qualifier Variable Label QNAMの長い名称orラベル (40文字未満)。多くはスポンサー使用 データセットの変数ラベルとなる。 QVAL Data Value QNAMの結果、回答、値などを示す。 QORIG Origin データの期限起源を示す。 例) CRF, ASSIGNED, DERIVED QEVAL Evaluator 主観的な（個人かグループの評価者によって判定された）結果にだ け使用される。 47 SUPPQUALの例 Domain = HO (Events) HO Events Dataset STUDYID DOMAIN 1999001 HO HOSPITALIZATION HOTERM Was the subject hospitalized during this study ? ■ Yes □ No Not submitted Hospital Name： General Hospital PROVNM Adminssion Date： 2001/5/4 HOSTDTC Discharge Date： 2001/12/4 HOENDTC Duration of Hospitalization： 1 □ Hours □ Days ■ Weeks HODUR AE Reported for this Episode ? ■ Yes □ No AEREPF Meds Prescribed ? ■ Yes □ No MEDSFL Procedures Performed ? ■ Yes □ No PROCFL Any Time in Special Unit ? ■ Yes(specify below) □ No SPUNFL Specialized Unit Tpe ■ ICU □ ER □ CARDIAC □REHAB SPUNCD Visit Related to Study Medical Condition ? ■ Yes □ No RLCNDF USUBJID 743-0001 HOSEQ 1 HOTERM Hospitalization HOSTDTC 2004-01-05 HOENDTC 2004-01-12 HODUR P1W SUPPHO Events Dataset STUDYID DOMAIN 1999001 HO 1999001 HO 1999001 HO 1999001 HO 1999001 HO 1999001 HO 1999001 HO USUBJID 743-0001 743-0001 743-0001 743-0001 743-0001 743-0001 743-0001 IDVAR IDVARVAL QNAM QLABEL HOSEQ 1 AEREPF AE Reported This Episode ? HOSEQ 1 MEDSFL Meds Prescribed ? HOSEQ 1 PROCFL Procedures Performed ? HOSEQ 1 PROVNM Provider Name HOSEQ 1 SPUNCD Specialized Unit Type HOSEQ 1 SPUNFL Any Time in Spec. Unit HOSEQ 1 RLCNDF Related to Study Cond. ? QVAL QORIG QEVAL Y CRF Y CRF Y CRF General Hosp CRF ICU CRF Y CRF Y CRF 48 目次 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. SDTMの概要 基本構造 General Observation Classes Special-Purpose Domains Trial Design Relationships SDTMへのマッピング、およびマッピング時の留意点 49 CRFとRaw Data STUDYID SCDTC CDISC01 BRTHDTC SEX 15Oct2003 1Nov1936Female SEXCD ETHNIC 1Not Hispanic or Latino ※ SAS SDTMサンプルデータ より引用 ETHNICCD RACE RACECD 2White RACEOTHI NSUPPDM 1 50 SDTM仕様書（マッピング仕様書） • • SDTMの各項目の導出元、変換式を規定する。 主にSDTM IGとControlled Terminologyを参照して作成する。 51 SDTM仕様書（マッピング仕様書） • • SDTMの各項目の導出元、変換式を規定する。 主にSDTM IGとControlled Terminologyを参照して作成する。 SDTMの変数「BRTHDTC (Data/Time of Birth)」はDB のフィールド「BRTHDTC(生 年月日)」を参照する。 RAWデータをSDTM likeのデー タベースとして構築しておくことで マッピングの効率が上がる。 SDTMの変数「AGE(Age)」は 「RFSTDTC（被験者の参照開 始日時）」および「BRTHDTC （生年月日）」より導出する。 52 SDTMデータセット STUDYID DOMAIN USUBJID SUBJID RFSTDTC RFENDTC SITEID BRTHDTC AGE AGEU SEX CDISC01 DM CDISC01.100014 100014 2003-10-15 2004-3-29 100 1936-11-1 66YEARS F CDISC01 DM CDISC01.200002 200002 2003-10-10 2004-3-28 200 1933-7-22 70YEARS F CDISC01 DM CDISC01.200005 200005 200 1937-2-22 66YEARS F RACE ETHNIC ARMCD ARM COUNTRY WHITE NOT HISPANIC OR LATINO WONDER20 Miracle Drug 20 mg USA BLACK OR AFRICAN AMERICAN NOT HISPANIC OR LATINO WONDER10 Miracle Drug 10 mg USA WHITE NOT HISPANIC OR LATINO SCRNFAIL Screen Failure USA 53 SDTMデータセット SDTMの日付型は国際標準 ISO8601形式（yyyy-mm-dd）を用い STUDYID DOMAIN USUBJID SUBJID RFSTDTC RFENDTC SITEID BRTHDTC AGE AGEU る。 SEX CDISC01 DM CDISC01.100014 100014 2003-10-15 2004-3-29 100 1936-11-1 66YEARS F CDISC01 DM CDISC01.200002 200002 2003-10-10 2004-3-28 200 1933-7-22 70YEARS F CDISC01 DM CDISC01.200005 200005 200 1937-2-22 66YEARS F RACE ETHNIC ARMCD ARM COUNTRY WHITE NOT HISPANIC OR LATINO WONDER20 Miracle Drug 20 mg USA BLACK OR AFRICAN AMERICAN NOT HISPANIC OR LATINO WONDER10 Miracle Drug 10 mg USA WHITE NOT HISPANIC OR LATINO SCRNFAIL データは原則英語。 「COUNTRY」など従来 USA の国内試験では使用し ない変数が必須とされ ている。 Screen Failure 54 SDTMへのマッピングまとめ PMDAに提出 CRF Define.XML SDTMデータセット データセットに対応 するメタデータも併 せて提出する CDASHが推 奨されている SDTM仕様書 （マッピング仕様書） DB Raw Data 55 Define.XML • • • Define.XMLはメタデータを集約したXML（Extensible Markup Language）形式のファイル。 様々なシステム環境で読み取り可能なファイル形式。 SDTM（ADaM）データの内容（変数，構造，内容等）を定義する。 56 Define.XML Variable Label Key Type Len Controlled Terms or Origin Derivation/Comment gth Format 7 Protocol 2["DM" = Assigned "Demographics"] Define.XMLはメタデータを集約したXML（Extensible Markup STUDYID Study Identifier 1 text DOMAIN Domain text Language）形式のファイル。 Abbreviation <Domain Abbreviation (DM)> • 様々なシステム環境で読み取り可能なファイル形式。 USUBJID Unique Subject 2 text 14 Derived Concatenation of STUDYID and • SDTM（ADaM）データの内容（変数，構造，内容等）を定義する。 Identifier SUBJID • SUBJID Subject Identifier for the Study RFSTDTC Subject Reference Start Date/Time text CRF Page 3 6 date ISO8601 Derived RFSTDTC = first date/time of study drug, for safety subject. Null for screen failures. RFENDTC Subject Reference End Date/Time date ISO8601 Derived RFENDTC = termination date, for safety subjects. Null for screen failures. SITEID text Study Site Identifier BRTHDTC Date/Time of Birth AGE Age date integer CRF Page 3 3 ISO8601 2 CRF Page 6 Derived Age at Subject Reference Start Date/Time (RFSTDTC BRTHDTC). For the complete algorithm see the referenced external document. Complex Algorithms (complexalgorithms.pdf) AGEU Age Units text 5 Assigned Defaulted to YEARS 57 Define.XML Variable Label Key Type Len Controlled Terms or Origin Derivation/Comment gth Format 7 Protocol 2["DM" = Assigned "Demographics"] Define.XMLはメタデータを集約したXML（Extensible Markup STUDYID Study Identifier 1 text DOMAIN Domain text Language）形式のファイル。 Abbreviation <Domain Abbreviation (DM)> • 様々なシステム環境で読み取り可能なファイル形式。 USUBJID Unique Subject 2 text 14 Derived Concatenation of STUDYID and • SDTM（ADaM）データの内容（変数，構造，内容等）を定義する。 Identifier SUBJID • SUBJID Subject Identifier for the Study RFSTDTC Subject Reference Start Date/Time RFENDTC Subject Reference End Date/Time text CRF Page 3 6 date ISO8601 Derived RFSTDTC = first date/time of study drug, for safety subject. Null for screen failures. date ISO8601 Derived RFENDTC = termination date, for safety subjects. Null for screen failures. CRF：直接CRFで集めたもの、または事前にCRFに注釈 をつけているもの（VISIT、SITEID等） SITEID Study Site text 3 Identifier eDT：電子データを臨床検査施設等から受け取ったもの BRTHDTC Date/Time of Birth date ISO8601 AGEDerived：導出値 Age integer 2 Assigned：個別の判断による値（スポンサーが追加した 判定結果、コーディング結果） Protocol：プロトコルからの値 Predecessor：他のデータセットの変数をコピーしたもの AGEU Age Units text 5 CRF Page 3 CRF Page 6 Derived Age at Subject Reference Start Date/Time (RFSTDTC BRTHDTC). For the complete algorithm see the referenced external document. Complex Algorithms (complexalgorithms.pdf) Assigned Defaulted to YEARS 58 CDASHとSDTM CDASH (Clinical Data Acquisition Standards Harmonization) •データ収集の標準化を促進する •収集データと提出用データ（SDTM）との間のトレーサ ビリティの確保を容易にする CDASH DB SDTM 収集 データ収集の標準 当局 提出 データ提出の標準 59 CDASHとSDTMのトレーサビリティ SDTM SDTM Define.XML Variable Label Key Type STUDYID Study Identifier DOMAIN Domain Abbreviation Annotated CRF 1 USUBJID Unique Subject Identifier SUBJID Subject Identifier for the Study RFSTDTC Subject Reference Start Date/Time 2 RFENDTC Subject Reference End Date/Time text text Len Controlled Terms or Origin Derivation/Comment gth Format 7 Protocol 2["DM" = Assigned "Demographics"] <Domain Abbreviation (DM)> text 14 text 6 Derived Concatenation of STUDYID and SUBJID CRF Page 3 date ISO8601 date ISO8601 Derived RFSTDTC = first date/time of study drug, for safety subject. Null for screen failures. Derived RFENDTC = termination date, • CDASHはSDTMと同じドメインを for safety subjects. Null for screen failures. 使用している。 • Define.XMLを介して容易にデー タのOriginを辿ることが可能。 60 CDASHとSDTMの関係性① SDTMのドメインごとに CRFが構成されている わけではない。 1つのCRFが複数の SDTMドメインで構成さ れる場合もある。 61 CDASHとSDTMの関係性② Visit 1 Laboratory Test Results Visit 2 Visit 3 複数のCRFに散在してい る同じトピックのデータを SDTMの単一ドメインとし てまとめる。 LB：Laboratory Test Results 62 CDASHとSDTMの関係性③ STUDYID SUBJID SITEID ECSTDTC YYYY-MM-DDTHH:MM:SS Study Drug Administration Infusion Oxaliplatin Start Date DD-MM-YYYY Start Time HH:MM:SS End Date DD-MM-YYYY End Time HH:MM:SS 複数のフィールドで収集 するデータをSDTMに格 納する際にISO8601形式 で連結する。 ECENDTC YYYY-MM-DDTHH:MM:SS 63 CDASHとSDTMの関係性④ AE：Adverse Events（non-CDASH） STUDYID SUBJID SITEID Adverse Events Where there any Adverse Events ? Start Date End Date Action Taken AEACN □Y □N DD-MM-YYYY DD-MM-YYYY Treatment stopped Rescue med given Subject moved to CCU □ □ □ AE：Adverse Events（CDASH） CRFデザインの際には Controlled Terminologyを 用いることでマッピングが 容易になる。 Action Taken with Study Treatment AEACN Other Action Taken AEACNOTH Concomitant treatment given ? AECONTRT Dose Reduced Drug Withdrawn Dose Not Changed Physical Therapy ordered Subject moved to home care Oter, Specify: □Y □N □ □ □ □ □ □ 64 おわりに •CDISC対応を円滑に進めるための基礎として、SDTM ガイダンス文書への理解を深めることが必要不可欠 です。 •次回勉強会ではCustom Domains作成など応用的な 内容を取り扱う予定です。 •その他テーマのご要望がございましたらアンケートに てご提案下さい。 65
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