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次世代シーケンサー向けライブラリー調製キット
RNA 編
RNA シーケンスにより、細胞内の RNA を網羅的に定量解析が可能で、トランスクリプトームの全体像の情報の取
得や選択的スプライシング、融合遺伝子の検出も可能です。イルミナでは、さまざまな用途にあった RNA ライブ
ラリー調製キットを提供しています。
TruSeq RNA サンプル調製キット
RNA サンプル調製キットに加え、mRNA、miRNA、トータル RNA それぞれの解析用のキットを提供しています。 No
ストランド情報に
興味がある
TruSeq RNA Sample Prep Kit v2
Yes
ncRNAにも
No
FFPEサンプルを
興味がある
No
使用したい
Yes
Yes
細胞質だけでなくミトコンドリアの
rRNAも除去したい
TruSeq RNA Access Library Prep Kit
No
Yes
TruSeq Stranded Total RNA Ribo-Zero H/M/R
Yes
血液サンプルを
使用したい
No
Yes
植物に
興味がある
TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit
TruSeq Stranded Total RNA Ribo-Zero Gold
TruSeq Stranded Total RNA Ribo-Zero Globin
TruSeq Stranded Total RNA Ribo-Zero Plant
Yes
Small RNAに
興味がある
TruSeq Small RNA Sample Prep Kit
Yes
キット
TruSeq RNA Sample Prep v2
TruSeq Stranded mRNA
サンプル数
48
48
96
TruSeq RNA Access
48
TruSeq Stranded Total RNA with
Ribo-Zero H/M/R
48
TruSeq Stranded Total RNA with
Ribo-Zero Gold
48
96
96
カタログ番号
RS-122-2001
RS-122-2002
RS-122-2101
RS-122-2102
RS-122-2103
RS-301-2001
RS-301-2002
RS-122-2201
RS-122-2202
RS-122-2203
RS-122-2301
RS-122-2302
RS-122-2303
インデックス数
RNA インプット量
推奨リード数
24
100ng
50M
100ng
50M
10-20ng
50M
100ng
100M
100ng
100M
1µg
50M
24
96
24
24
96
24
96
RS-200-0012
TruSeq Small RNA
24
RS-200-0024
RS-200-0036
RS-200-0048
48
TruSeq Stranded mRNA、 TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero
サンプル調製キット
ストランド特異的手法により、どちらの DNA 鎖から RNA が転写されたか同定が可能です。
まず RNA テンプレートから 1st strand cDNA を合成します。 2nd strand cDNA 合成の時点で dTTP の代わりに dUTP を使う
ことで、T の代わりに U が取り込まれます。 PCR の際に、dUTP 配列を鋳型に増幅できないため、dUTP をもたない 1st
strand cDNA のみを鋳型として増幅が行われ、一方向からの断片のみが合成されます。
ストランド特異的手法
RNA
1st Strand cDNAの合成
2nd Strand cDNA合成
の際に dUTP を使用
1st Strand cDNA
2nd Strand cDNA
アダプター付加
DNAの
増幅
dUTPを使った2nd Strand cDNAから増幅は
されず、1st Strand cDNA側からのみ増幅
TruSeq Stranded mRNA サンプル調製キットでは、poly-A によりトータル RNA から mRNA を選択的に回収することにより、
発現している遺伝子を定量的に測定することが可能です。
一方で、TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero サンプル調製キットは Ribo-Zero によりリボソーム RNA（rRNA）を
除去した後、cDNA を合成するので、コード領域および非コード領域の RNA における新規転写産物の検出が可能です。 Ribo-
Zero による rRNA 除去は、ビオチン化したキャプチャープローブを用いて特定の生物種の rRNA に結合することでキャプチャー
と精製を効率よく行います。
TruSeq Stranded Total RNA サンプル調製キットには、ヒト、マウス、ラットの細胞質 rRNA を対象としたもの、細胞質および
ミトコンドリア rRNA を対象としたものからお選びいただけます。さらには、血液サンプルに適した Globin キットや植物における
トランスクリプトーム解析が可能な Plant キットも扱っています。
Ribo-Zero による rRNA の除去
Total RNA
B
rRNA 除去液の付加
B
B
B
B
B
B
除去ビーズの付加
ビーズと結合した
rRNA の除去
B
B
2
B
B
B
B
TruSeq RNA Access ライブラリー調製キット
TruSeq RNA Access ライブラリー調製キットでは、cDNA 合成後アダプターを付加して PCR を行います。その後、ヒトコー
ディング領域（37Mb）にビオチン化したランダムプローブをハイブリダイズして、ストレプトアビジンビーズでキャプチャーを行
い、最後に PCR 反応を再度行うので、分解した FFPE サンプルでも効率よく解析を行うことができます。
RNA Access アッセイワークフロー
ストレプトアビジンビーズ
A.stranded RNA-Seq ライブラリーのプール
ビオチプロープ
C. ストレプトアビジンビーズを用いてキャプチャー
B. ターゲット領域にビオチン化プロープをハイブリダイズ
D. ビーズから溶出
TruSeq Small RNA サンプル調製キット
miRNA のような Small RNA は、発生、分化、腫瘍進展、神経発生、ウィルス防御などといったさまざまな調節機能で重要な
、5’末端にアダプターを
役割を果たしており、その機能が注目されています。 Small RNA キットは、ライゲース反応により 3’
付加した後、逆転写 PCR で cDNA を合成します。
Small RNA アッセイワークフロー
RNA 5’アダプター
RNA 3’アダプター
A. RNA末端にアダプターをライゲーション
B. 逆転写反応
インデックス
C. PCR増幅
3
TruSeq ターゲット RNA パネル
疾患特異的な遺伝子をターゲットとしたバリデーション済みの 10 種類の固定化パネルです。わずか 50ng のトータル RNA から
スタートする各パネルは、48 サンプルと 96 サンプルの 2 種類のキットがあり、別途インデックスキットをご購入いただくことで、
最大 384 サンプルを同時に解析できます。
MiSeq 1 ランあたりの
サンプル数 *
パネル
遺伝子数 （1000x カバレッジの場合）
神経（Neuro）
パネル
シトクローム P450
（P450）
77
325
ヘッジホッグシグナル伝達
（Hedgehog）
76
329
細胞周期（Cell Cycle）
63
384
Wnt パスウェイ（Wnt）
心臓毒性（Cardiotox）
93
269
アポトーシス（Apoptosis）
100
250
幹細胞（Stem Cell）
MiSeq 1 ランあたりの
サンプル数 *
遺伝子数 （1000x カバレッジの場合）
28
384
P53 パスウェイ（P53）
52
384
NfκB パスウェイ（NFκB）
105
238
76
329
177
214
*MiSeq v3 キットをご利用の場合
TruSeq ターゲット RNA アッセイワークフロー
トータルRNA
cDNA
ハイブリダイゼーション
伸長・ライゲーション反応
PCR増幅
シーケンス用ライブラリー
精製したトータル RNA から cDNA が逆転写されます。アダプター配列のついたカスタムオリゴヌクレオチドプローブがターゲット領域の
上流と下流にハイブリダイズし、伸長・ライゲーション反応を行い、その後 PCR 増幅によりシーケンス可能なライブラリーが構築されます。
TruSeq ターゲット RNA カスタムパネル
遺伝子、エクソン、ジャンクション領域、非ジャンクション領域、cSNP、融合遺伝子よりターゲット遺伝子を選択可能で、最大
1000 遺伝子を同時に解析できます。固定化パネルにターゲットを追加したり、既存のカスタムパネルへの追加搭載も可能です。
パネルの設計には無料のウェブツール Design Studio をご利用いただけます。
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代理店
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Pub. No. RNA ライブラリー調製 04SEP2014